地球并不只是人类的天下,其实有1500名外星人生活中我们当中,而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织,成为MIB的一员,代号J,从此没有名字、没有身份,成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害,而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了,若虫族找到,将给亚基伦人带来毁灭性的打击。